Изучение микробиоты различных сред (почвы, воды, пищевых продуктов).
Формирование и поддержание коллекции фитопатогенных микроорганизмов, а также полезных микроорганизмов, пригодных для увеличения плодородия почв, защиты и стимуляции развития растений.
Разработка способов использования штаммов микроорганизмов в качестве полифункциональных микробных препаратов (получение биоудобрений и средств защиты растений, переработка отходов).
Изучение устойчивости растений к фитопатогенам. Разработка способов и форм использования штаммов микроорганизмов в качестве биологических средств защиты растений, в том числе для локализации и подавления роста вредоносных организмов.
Биотрансформация органических отходов.